I have been trying to calculate chi2 for a diamond NV center. I have relaxed the ions with the NV defect present and at the same time maintained the original diamond lattice to avoid numerical errors due to slightly off cartesian coordinates. As I mentioned in my other post, the NV center results in an odd number of electrons so I have added a Hydrogen atom well away for the NV center in the supercell. The calculation proceeds to dataset 5 where abinit complains about a missing file as can be seen below. Note that in dataset 4, there is also a warning that
Zero Point Motion energy (sum of freqs/2)= 1.081901749E-02
chkph3 : WARNING -
The dynamical matrix was incomplete : phonon frequencies may be wrong ...
I am (naively) assuming that the problems with the dynamical matrix are occurring do the light H atom in the system and hoping they can be ignored. Any suggestions as to what to try next?
Perturbation wavevector (in red.coord.) 0.000000 0.000000 0.000000
Perturbation : 2nd derivative wrt k (idir1 =1) and Efield (idir2 =1)
dfpt_looppert : COMMENT -
In this case, iscf is set to -3 automatically.
symkpt : not enough symmetry to change the number of k points.
getmpw: optimal value of mpw= 35105
Memory required for psi0_k, psi0_kq psi1_kq: 204.1 [Mb] <<< MEM
getmpw: optimal value of mpw= 35105
qpt is Gamma, psi_k+q initialized from psi_k in memory
Initialisation of the first-order wave-functions :
ireadwf= 0
--- !ERROR
src_file: m_dfpt_looppert.F90
src_line: 1598
mpi_rank: 0
message: |
Missing file: outdata/out_DS5_1WF211
...
abinit_abort: decision taken to exit. Check above messages for more info
Abort(13) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 13) - process 0
ndtset 7
############################################################################################
#### Global Variables.
############################################################################################
ngkpt 4 4 4
nshiftk 1
shiftk 0.5 0.5 0.5
ecut 45
occopt 1
nstep 100
nsppol 1
nbdbuf 0
ecutsm 0.5
nband 127
indata_prefix "indata/in"
tmpdata_prefix "tmpdata/tmp"
outdata_prefix "outdata/out"
pp_dirpath "/data/abinit/pseudos"
pseudos
"H_LDA.psp8,
C_LDA.psp8,
N_LDA.psp8"
############################################################################################
#### STRUCTURE
############################################################################################
natom 64
ntypat 3
typat
1 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
2 2 2
3
znucl 1 6 7
xred
0.5561324900 0.0855480700 0.2090958500
0.2481623100 0.2456593000 0.2483952600
0.2492203800 0.2483012400 0.7488366800
0.2450147800 0.7444709400 0.2496709500
0.2493445300 0.7476578900 0.7501297200
0.7674692300 0.2432418900 0.2281282300
0.7490872700 0.2522694000 0.7432550300
0.7463459500 0.7460399300 0.2513511300
0.7493244200 0.7505221000 0.7494973500
0.6297349500 0.6221678000 0.6237414300
0.6237475000 0.6191471600 0.1273589900
0.6235187600 0.1272431000 0.6179889300
0.6572576400 0.1510999200 0.0943128500
0.1247595000 0.6234849500 0.6240895300
0.1233551700 0.6222050900 0.1249800700
0.1213125400 0.1239796500 0.6247080100
0.1241937200 0.1231577900 0.1227910600
0.6256192000 0.3787080000 0.8676672000
0.6199323800 0.8674285100 0.3788565800
0.6240780500 0.8734891800 0.8740021100
0.1238129700 0.3729288500 0.3727065800
0.1262933800 0.3738505100 0.8727795400
0.1219642500 0.8715339400 0.3748507500
0.1245050900 0.8740386000 0.8742861700
0.3751722300 0.6176213300 0.3744698200
0.3755099600 0.6227631600 0.8735506900
0.3646926800 0.1185957700 0.3814092300
0.3770686200 0.1236166300 0.8732861500
0.8734630900 0.6235643400 0.3794859200
0.8750685800 0.6254181700 0.8737018500
0.8731502000 0.1244328200 0.3682610300
0.8768276300 0.1257971800 0.8691454900
0.3753915900 0.3724991600 0.6202973900
0.3772776000 0.3712282000 0.1247953800
0.3737136200 0.8709799500 0.6258167100
0.3692134500 0.8680276600 0.1265474000
0.8744773900 0.3793825900 0.6213089800
0.8773269300 0.3810621900 0.1230806500
0.8731614600 0.8757143100 0.6229902000
0.8733839600 0.8723689700 0.1246990700
0.2484657800 0.4968910600 0.4986498300
0.2495250100 0.4969045500 0.9980946000
0.2417908200 0.9953960300 0.5035926100
0.2502174300 0.9985899600 0.9997231800
0.7502962600 0.5012285700 0.9974313400
0.7467518100 2.7001000000d-04 0.4956857200
0.7518490200 0.9964015900 0.9941067400
0.4887588400 0.5009889300 0.2420181300
0.5018176400 0.4988436800 0.7446235200
0.4729409200 0.9731039900 0.2738305800
0.4992018800 0.9976336600 0.7485656900
0.9987344400 0.4998624300 0.2502981700
0.0011911600 0.4990796800 0.7495734800
0.9995863500 0.9966191700 0.2484100700
0.9988845000 0.9996667900 0.7480243100
0.4859138000 0.2386348900 0.5029227400
0.5055071100 0.2546959100 0.9908509700
0.5006039200 0.7416833700 0.5018306600
0.4989444300 0.7478514700 1.9727000000d-04
0.9966598900 0.2501971100 0.4959992000
0.0023514900 0.2502992900 0.9958866700
0.9989398200 0.7496961100 0.4996230300
0.9994366600 0.7486082000 0.9994854900
0.7606658600 0.5094172700 0.5091479500
acell 1.0 1.0 1.0
rprim
13.4537161717 0.0000000000 0.0000000000
0.0000000000 13.4537161717 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 13.4537161717
#####################
##### DATASET 1 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt1 3
toldfe1 1e-12
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
prtden1 1
prtwf1 1
##############################################
#### SECTION: paral
##############################################
autoparal1 1
#####################
##### DATASET 2 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt2 3
iscf2 -2
tolwfr2 1e-22
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
getden2 1
getwfk2 1
prtwf2 1
##############################################
#### SECTION: paral
##############################################
autoparal2 1
#####################
##### DATASET 3 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt3 3
tolwfr3 1e-22
##############################################
#### SECTION: dfpt
##############################################
rfelfd3 2
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
getwfk3 2
prtwf3 1
#####################
##### DATASET 4 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt4 3
tolvrs4 1e-12
##############################################
#### SECTION: dfpt
##############################################
rfphon4 1
rfelfd4 3
rfstrs4 3
prepanl4 1
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
getwfk4 2
getddk4 3
prtwf4 1
prtden4 1
#####################
##### DATASET 5 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt5 3
tolwfr5 1e-22
##############################################
#### SECTION: dfpt
##############################################
rf2_dkde5 1
prepanl5 1
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
getwfk5 2
getddk5 3
get1den5 4
getdelfd5 4
getdkdk5 5
prtwf5 1
#####################
##### DATASET 6 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt6 3
tolvrs6 1e-15
##############################################
#### SECTION: dfpt
##############################################
usepead6 0
d3e_pert1_elfd6 1
d3e_pert1_phon6 1
d3e_pert2_elfd6 1
d3e_pert3_elfd6 1
##############################################
#### SECTION: files
##############################################
getwfk6 2
getddk6 3
get1den6 4
get1wf6 4
getdkde6 6
##############################################
#### SECTION: gstate
##############################################
optdriver6 5
#####################
##### DATASET 7 #####
#####################
##############################################
#### SECTION: basic
##############################################
kptopt7 1
tolvrs7 1e-15